BAP proje başvuruları, proje yürütücüleri tarafından BAP Otomasyon Sistemi üzerinden çevrimiçi olarak gerçekleştirilir.
Başvurular, BAP Komisyonunun her yıl MART ve EKİM aylarında belirlediği tarihlerde yılda iki defa alınmaktadır.
Başvurunun sistem üzerinden tamamlanmasının ardından, "BAP Ofise Gönder" butonu kullanılarak elektronik ortamda BAP Koordinasyon Birimine iletilmesi ve sisteme yüklenen ek belgelerle birlikte ıslak imzalı bir nüshasının BAP Koordinasyon Birimine teslim edilmesi gerekmektedir.
İlk defa proje başvurusunda bulunacak olan proje yürütücülerinin (Lisansüstü Tez Projesi başvurusu hariç), BAP Koordinasyon Birimi tarafından her başvuru dönemi öncesi belirli tarihlerde düzenlenen Proje Yazma & Proje Süreçleri Eğitimlerine katılım sağlamaları gerekmektedir.